基因表达谱分析方法
1、表达谱测序饱和度分析 通过对表达谱测序饱和度的分析，通常在表达谱 Tag数目达到 200 万时，测序 Tag接近饱和。因此，通过 Solexa 测序，仅需要 1次试验，就可以得到足够后 续进行表达分析的数据。 样品重复性。
2、研究基因的表达主要有以下方法：分子生物学方法 基因克隆与测序。通过PCR等技术，扩增特定基因片段，再进行测序，可以确定基因序列及结构特征，为后续表达研究打下基础。 表达谱分析。利用基因表达芯片或高通量测序技术，检测不同组织或细胞类型中基因的表达水平，揭示特定基因的表达模式。
3、从原理上可以看出两种方法：1，基于内参基因的表达量，来判别关注基因的表达量 基于多杂交数目或测序read均一化计算关注基因的表达量。在最近的nature biotech上发现两种分析方法分析结果是一致的，且芯片和二代测序结果也是一致的。这就是二代测序分析基因表达谱的原理，还有其可靠性的相关介绍。
4、生化反应检测法：主要通过酶反应来检测；免疫学检测法：通过目的蛋白（抗原）与其抗体的特异性结合进行检测，具体方法有Western杂交、酶联免疫吸附法（ELISA）及免疫沉淀法；生物学活性的检测。
如何检测基因表达水平
先用realtime检测mRNA水平是否表达，如果本身就存在这个基因，就看“是否表达”提高了很多，然后再做westernblot检测蛋白水平是否表达，如果这个基因可以影响细胞的某些功能的话，再检测细胞的一些指标看是否有预期的变化。基因（遗传因子）是具有遗传效应的DNA片段（部分病毒如烟草花叶病毒、HIV的遗传物质是RNA）。
判断一段基因是否表达的方法：细胞水平：如果转进去的目的基因带有标记，例如荧光，那么用倒置荧光显微镜就可以看到，有荧光，则基因表达，当然这必须细胞本身没有荧光才行。蛋白水平：将样品收集，裂解，用蛋白免疫印记法（Western Blot）来检测，根据曝光条带判断有无目的蛋白的表达，从而证实基因的表达。
即转录水平上对特异mRNA的检测和翻译水平上对特异蛋白质的检测。转录水平上的检测主要方法是Northern杂交，它是以DNA或RNA为探针，检测RNA链。和Southern杂交相同，Northern杂交包括斑点杂交和印迹杂交。也可用RT-PCR（reversetranscribedPCR）方法检测外源DNA在植物体内的转录表达。
培养目的基因所在生物细胞一定的时间。用试剂盒或者传统的Trizol法获取mRNA。配置RT-PCR反应体系，反转录生成cDNA。使用目的基因涉及的引物对cDNA进行PCR反应。同时设置对照组使用持家基因的引物PCR。（验证mRNA的成功提取和cDNA的成功得到）琼脂糖凝胶电泳，若有目的条带，则说明表达了。
实时定量逆转录PCR：实时定量逆转录PCR通过逆转录将RNA转化为cDNA，然后使用PCR技术进行扩增和定量，实时定量逆转录PCR可以提供基因表达的相对定量数据，并且具有高的灵敏度和特异性。
为什么说qPCR的C值可以反应基因的表达量?
Cq 值和基因表达量之间呈反比例关系。Cq 值越低，目标基因含量越高，表达量也就越高。通过ΔΔCt 方法分析 qPCR 数据时，Cq 值的相对差异和变化越小，则目标基因的表达水平差异和变化也就越小。因此，Cq 值和表达量分析是相辅相成的。
